Si les premiers combats dans cette VIIIème Guerre du Graal, font rage, certains participants de cette VIIIème Guerre du Graal peuvent commencer à se demander quel est le but des Yggdmillennia, supervisant Kyoto, dont le chef de file, Darnic Prestone est à l'origine de ce nouveau Graal.

Voici les Yggdmillennia venant récupérer la dépouille d'un Master tombé, cherchant à recruter d'autres membres. Tout semble bien indiqué qu'en plus de devoir veiller à l'ordre dans Kyoto, ils comptent bien avoir la main mise sur cette guerre et sur le Graal. Mais dans tout ceci, certains ne pourraient pas vouloir s'associer à eux mais plus vouloir leur chute.

De plus le jeu mené par Avenger pourrait venir semer le chaos dans les plans des Yggdmillennia. Alors que celui que l'on considère comme l'incarnation de tous les maux, qui était dans le Graal et à l'origine de sa corruption est apparu à Kirei Kotomine et dévoile peu à peu ses motifs. L'apparition de réminiscences d'anciens Masters est de son fait, mais nul ne sait encore pourquoi et dans quel but Avenger les a fait apparraître. Si ces Masters ne se sont pas encore montrés, Gilles de Ray, le Servant d'un d'entre eux s'est manifesté, s'attaquant à Nero et Suleiman et leurs Masters, les obligeant à interrompre leur combat pour s'opposer à lui...

Alors que certains Masters font connaissance avec leurs Servants, pour d'autres il est temps de passer à autre chose. Il y a ceux qui observent, ceux qui tissent des alliances, ceux qui vont à la rencontre d'autres duos sans en savoir l'issue.

Cependant en plus de tous ces partis qui se créent, la Guerre du Graal à bien d'autres enjeux que les individuels. Les Yggdmillennia recrutent et suivent leurs plans pour une victoire qu'ils comtpent bien obtenir. Mais face à ce camp se dresse seulement la réunion de quelques mages de l'Association, agissant de leur propre chef. Un regroupement qui pour l'heure doit encore se renforcer pour pouvoir faire le poids face à toute la famille de Drnic Prestone.

Mais les choses seraient bien plus simples, s'il n'y avait que les Yggdmillennia. L'ombre d'Avenger qui s'est manifesté auprès du Superviseur Kirei Kotomine plane sur cette guerre et plusieurs participants se voient attaqués par de mystérieuses bêtes et servant d'ombre, dans ce qui est l'Event des Ombres de Kyoto. Est-ce l'oeuvre d'Avenger ou une autre menace est entrée en jeu ?